Las lenguas mixtecanas forman una familia lingüística reconocida en el siglo XX, compuesta por el mixteco, el cuicateco y el triqui. También existe evidencia de que el amuzgo es un pariente cercano de esta familia. Se entiende que el tronco mixtecano es una rama del otomangue, posiblemente la familia lingüística más grande y diversificada de Mesoamérica.

La investigación que condujo a la identificación del mixtecano y sus subdivisiones fue sinuosa y, en un primer momento, éste fue vinculado inseparablemente a clasificaciones más amplias de otras lenguas otomangues. Si bien la variación interna del mixteco se había apreciado durante siglos (véase, por ejemplo, el prólogo de Reyes 1593), fue solo en el siglo XIX cuando comenzó la especulación sobre posibles agrupaciones clasificatorias que involucran al mixteco, al cuicateco y al triqui. En ese momento, las investigaciones sobre la localización geográfica y la nomenclatura de las lenguas de México condujeron a esquemas de clasificación para estas lenguas. Si bien estos fueron, a menudo, poco más que conjeturas típicamente basados en criterios dudosos, este proceso ayudó a clarificar la ubicación y los nombres de las lenguas y comenzó a crear un marco en el que se podían realizar los estudios lingüísticos comparativos.